여름성경학교의 기원은 미국에서 시작된 것으로 몇가지 기록이 남아있다. 그중 하나는 1894년 5월 중순 일리노이주 호프데일 마을에서 감리교 목사 부인 마일즈(D.T.Miles) 여사가 37명의 어린이들을 모아 4주 동안 가르친 것을 여름성경학교의 첫 출발로 보는 시각이 있고. 또다른 하나는 1901년 뉴욕침례교 선교부 총무였던 보빌(R.G.Boville) 박사가 주도한 국제 매일 여름성경학교연합회로 말미암아 여름성경학교가 확산되었다고 보는 기록들이 남아있다. 

우리나라에는 1921년 YMCA에서 여름성경학교지도자를 훈련했다는 기록으로 보아 그 해 여름성경학교가 개최되어졌으리라 추측하기도 하고, 1992년에 평북 성천에서 북장로의 아무엘(amuel) 양이 5명의 교사와 함께 100명의 학생을 가르쳤고 그 후 전국적인 활동으로 발전되었다. 당시 여름성경학교 기간은 한달내내 진행되었다고 전해지고 있다.