조선총독부는 성결교회를 폐쇄하려고 온갖 생트집을 잡았다. 1941년 선교사들이 축출된 후 신학교 교장과 총회 이사장을 맡은 이명직 목사는 ‘활천’에 교단 이사장의 이름으로 ‘국가총동원과 기독교’ ‘황국신민으로서의 기독신자’ 등 사설을 게재할 수 밖에 없었다. 이는 성결교단의 폐쇄를 막기 위해 교단 책임자로서 자신의 명예와 신앙을 희생하는 눈물겨운 조치였다.

이에, 일제는 더욱 기세를 높여 성결교회의 사중복음 중 ‘재림’에 대한 신앙을 폐기할 것을 주장했다. 이명직은 재림신앙의 포기는 곧 그리스도 신앙에 대한 전면 부정이라고 확신하고, 재림신앙의 폐기요청에 대해 거부한다고 통보했다. 여기서는 한발자국도 양보할 수 없었다.

그러자 1942년 말, 일제의 조선총독부는 성결교회의 기관지인 활천을 폐간하고, 1943년 2월에 경성신학교를 폐교했으며, 그래도 말을 듣지 않자 그해 5월에 전국 교역자와 평신도지도자 3백여 명을 일제히 체포, 구금시킨 후 심한 심문과 고문을 가했다. 그래도 별 소득이 없자, 그해 9월에 성결교회에 예배 중지령을 내렸고, 마침내 그해 12월 29일부로 성결교회를 해산시켰다. 이렇게 하여 조국이 해방되기까지 1년 8개월 동안 이 땅에서 성결교회가 사라지는 고난을 당했다.

교회를 유지하기 위하여 피치 못할 타협에는 응했으나, 재림신앙을 부인함으로 주 예수 그리스도의 신성이 부인되는 상황에서는 교회존재의 의미가 없다고 생각한 것이다. 재림신앙은 우리 성결교회의 한 치도 양보할 수 없는 생명의 교리였던 것이다.(마 10:33, 마 24:44, 살전 4:16,17, 요일 3:16)