집중된 폭우로 교단산하 교회들의 피해도 발생한 것으로 보고되었다. 9일 현재 경기동지방회 새문교회(이상록 목사)가 예배당과 지하가 침수되었으며, 서울남지방회 서울중앙교회(오성택 목사)도 주변 도로의 침수로 인해 토사와 함께 예배당을 비롯한 부속시설들이 모두 침수된 것으로 전해졌다. 이외에도 16개교회가 이번 폭우로 피해를 입은 것으로 전해지고 있다.

새문교회(이상록 목사)는 집중호우로 빗물이 밀려들어와 교회 지하가 모두 물에 잠겼다. 목회자와 성도가 함께 밤새 물을 퍼냈지만 밀려온 토사나 부유물 등이 엉켜 있어 수습이 쉽지 않다. 더군다나 복구에 필요한 중장비도 없어 막막한 상황이다.

서울중앙성결교회(오성택 목사)도 폭우로 인해 지하 1층에 있는 예배당이 물에 잠겼다. 대성전 층고가 5m인데, 3m 높이까지 침수돼 물이 빠지기만을 기다리는 중이다.

오성택 목사는 "벌써 3번째 겪는 수해지만 이렇게 물 폭탄을 맞아 피해 보기는 처음"이라며 "복구를 해도 시설물들은 다 못쓸 것 같다"고 했다. 이어 "자력으로 복구하기에는 너무 피해가 커 도움의 손길이 절실하다"고 전했다.

총회사무국에서도 피해를 당한 교회들의 현황을 분주히 파악하고 있다. 기상청은 앞으로 최대 300mm의 비가 더 예상된다며 피해예방에 만전을 기해줄 것을 당부했다.