그러나 무엇보다도 신학교육이 그 근원적인 요인이라 여겨진다. 한 때는 신학교 난립에 따른 교육수준 문제, 신학교육 이념의 불확실성 문제, 신학교육이 적합한 사역자를 배출하고 있는 가의 문제, 교회와 신학교간의 긴밀한 협력관계 문제 등 다양한 문제가 많은 부작용을 낳기도 했다. 그러나 지금은 종합대학으로 발전을 거듭하여 나름 제대로 된 커리큘럼과 시스템을 갖춘 신학대학이 즐비하고 그런 교육을 받은 신학생들이 줄줄이 배출이 되는데도 목회자의 질적향상은 이루어지지 않고 있다는 것이 심각한 문제다. 

우리 교단의 대학도 예외일 수 없다. 순수한 신학적 영성과 관계 깊은 전통적 성경신학의 교육, 그리고 복음사역 현장에서의 뜨거운 헌신, 속화된 생활 안목에서 초월한 선지자적 의식이 고취된 사명자 교육을 지금도 아쉬워하고 있다면 신학교육의 현실을 냉철하게 점검해 볼 일이다. 대학원 수준의 평준화를 이룬 오늘의 신학교육이지만, 영성빈곤과 신학빈곤 문제 즉 신학형성 없이 영성형성만 이룬 목회후보생들이나, 영성이 형성되지 않고 신학형성만 이룬 공허한 신학 인재가 매년 쏟아져 나오고 있다는 것이 오늘의 현실이다. 

최근 들어 신학교육에서 이론적인 강조 곧 학적인 추구가 너무나 강조 되다보니 신학교육이 심각한 위기에 접어들었다는 것이다. 학문적인 관심을 크게 가지게 되면 교회에 대한 관심이 소원할 뿐만 아니라, 교회와 교역자들 사이의 대화에 간격을 만든다. 

그것은 곧 신학교에서 갓 배출된 사역자들을 대(對)교회적 혼돈과 자신의 경건성 상실 등으로 당황하고 좌절하게 만드는 경향이 없지 않다는 것이다. 불트만학파, 심층심리학, 행동주의 등에 심취되어 방황하다가 전통적 신학 캠프로 돌아왔던 오덴(Thomas C. Oden) 박사는 “텍스트에 머물라 원텍스트에 귀를 기울이라. 성경을 상고하라. 그리고 초대교회 전통, 종교개혁자들의 텍스트위에서 신학을 개진하라, 그리고 이 신학 텍스트들은 성경을 거룩한 말씀으로 믿으며, 전통을 존중히 여기며, 거룩한 예배공동체에서 확실하게 들어내라”고 하면서 “근대 비판적 신학교육은 시대적 폐물이 되었다”고 주장했다. 

지금 교회가 신학교에 바라는 것이 있다. 학적훈련은 물론, 목회의 전문적 기능을 갖춘 실천적 훈련, 그리고 헌신적인 교역자가 되게 하는 영성훈련, 즉 “사람 대 사람의 사역”을 할 수 있는 신학교육의 통합적 훈련을 절실히 바라고 있다는 것이다. 

이젠 우리교단도 지나친 학구적 추구와 물량적 경쟁보다, 순수함과 경건함의 초기 신학교육으로 다시 돌아가 말씀에서 절어 나오는 인격적 인재를 배출하기 위한 신학교육이 시행돼야 할 것이다. 총장선거를 앞두고 있는 교단과 학교의 지도자들은 이런 심각한 위기의식을 느끼고나 있는 것인지 교회는 묻고 있다.