군종장교제도는 한국전쟁이 한창 진행 중이던 당시 카튜사로 미국 공병부대에서 복무하던 장병들이 출전을 앞둔 병사들에게 기도해 주는 미국 군목을 목격하고 정부에 군종병과 신설을 제안함으로 신설되었다. 또한 건군 이후 군인들의 사기 진작과 군선교에 관심을 기울여 온 기독교계에서도 같은 시기에 군목의 필요성을 대통령에 건의한 것도 군목 제도 신설의 한 동기로 알려져 있다. 이렇게 창설된 군종장교제도는 그간 ‘군신자화’라는 일차적 목표 뿐 아니라 군의 사기진작과 정신 무장에도 지대한 역할을 감당해 왔다.

올 한해 동안 군종목사 63명이 전역을 했다. 반면 임관자는 34명에 그쳐, 군종목사가 전년에 비해 무려 29명이나 줄어든 것으로 나타났다. 우리교단의 실정도 마찬가지여서 해마다 그 수가 현격히 감소하고 있는 추세이다. 육군 8명, 해군 3명, 공군 3명으로 총 14명의 군종목사가 군선교의 최일선에서 사역을 감당하고 있다. 그마저도 올해 3명이 전역을 하여 9월말 현재 군종목사는 11명에 그치고 있다.

이같은 군목 수의 감소 추세는 자연스럽게 군선교에도 큰 영향을 미치고 있다. 그동안 군선교를 향한 한국교회의 관심과 사랑, 후원이 군부대에 전해지는 ‘초코파이 선교’를 통해 포괄적이고 구체적인 군선교 방향의 길을 제시하고 있었다. 하지만 최근 군선교 현장의 상황을 깊숙히 들여다 보면 상황은 많이 변했다.　

지난 참여정부 군종정책 5대 지시사항으로 신앙전력화 정책이 약화됨에 따라 ‘무종교도 종교’라는 인권 정책이 적용되며, 종교를 강요할 수 없게 됐고, 종파간 경쟁 및 각종 이단의 침투에 따라 군선교 현장을 ‘황금어장’이 아닌 ‘눈물의 어장’이라고 분석하는 관계자들도 늘고 있다. 또 각 종파별 병사통계에 따라 군종장교의 비율을 조정하는 한편, 원불교에서도 군종장교 1명이 임관하고, 통일교에서도 군종장교 임용을 추진하는 사건들은 군선교현장이 영적전쟁터임을 증명하고 있다.　

이와 관련 총회 전도국의 허상범 목사는 “예전의 군인교회는 병사들의 안식처였고, 초코파이만으로도 큰 관심을 모을 수 있었지만, 지금은 군선교사역을 위해 다양한 노력을 기울여도 힘든 시기”라며 “군부대 시설이나 환경이 많이 개선되고 있기 때문에 쵸코파이와 더불어 다양한 소프트웨어가 필요한 시기에 직면해 있다”고 전했다.　

아직까지는 기독교가 군 선교현장에서 타 종교에 비해서 월등한 우위를 점하고 있지만, 경쟁이 심화되고, 각종 군 정책이 변화됨에 따라 방심하는 한 순간에 추월당할 수 있다는 것이 군선교관계자들의 중론이다.　

이를 위해 총회 군선교위원회 관계자를 비롯해 본교단 군종목사, 군선교교역자들은 “총회와 지방회, 그리고 개신교회가 한 마음으로 군 선교에 대한 관심과 사랑을 실천해야 한다”고 입을 모은다.
또 군선교사역자들의 활동을 위한 적극적인 지원과 대책 마련, 군종목사들의 진급문제, 전역 후의 진로문제 등도 풀어야 할 과제로 손꼽았다.　

한편 병사들을 위한 실질적이고 체계화된 신앙교육프로그램 및 민ㆍ군 교회의 협력관계도 증진되어야 한다는 주장도 제기됐다. 이를 위해 군종목사들은 기독교 신앙교육을 비롯해 상담, 치유, 위문, 문화 등 장병들에 맞는 전문사역을 진행하기 위한 끊임없는 노력을 기울이고 있으며, 치열한 환경속에서도 한 영혼을 구원하기 위해서 눈물의 기도로 복음의 씨앗을 뿌리고 있는 것이 사실이다.　

시대가 변하고 수많은 정책이 시행될지라도 한국교회의 성장의 한 축은 군선교다. 한국교회는 진중세례운동 등으로 재도약의 활력소를 제공한 군선교를 향해 비전을 품고, 믿음의 기도와 사명의 열정을 가지고 끊임없는 사랑을 실천해야 한다. 그 실천속에 군선교 현장은 군복음화와 민족복음화를 위한 진정한 황금어장으로 거듭날 것이다.